En metod för att angripa skatteflykt är genom tillämpning av skatteflyktsklausulen som stadgas i 2 § lagen mot skatteflykt. Skatteflyktsklausulen har kritiserats för bristen på förutsägbarhet ur ett rättssäkerhetsperspektiv med särskild hänsyn till legalitetsprincipen. Den 26 mars 2012 meddelade Högsta Förvaltningsdomstolen sin dom där svensk intern rätt tillämpades framför skatteavtalet mellan Sverige och Peru på ett skatteupplägg med ett utländskt holdingbolag. Om ett skatteavtal missbrukas i syfte att uppnå skattemässiga fördelar finns det i kommentarerna till OECD:s modellavtal vägledning som öppnar för internrättsliga angreppssätt mot skatteflykt. Däremot finns det en gräns för hur generellt utformade sådana motverkansregler får vara för motivera ett sådant åsidosättande om skatteavtalets fördelningsregler. Risken med att åsidosätta en skatteavtalsbestämmelse är att det kan resultera i att staten ifråga gör sig skyldig till avtalsbrott, s.k. tax treaty override. Rättspraxis har gett upphov till kritik ur ett rättssäkerhetsperspektiv avseende tillämpligheten av skatteavtal i relation till svensk intern lagstiftning. Högsta förvaltningsdomstolen har öppnat upp för att reglerna om obegränsad skattskyldighet i 3 kapitlet inkomstskattelagen tillämpas och inte skattflyktsklausulen vid skatteupplägg med utländska holdingbolag som ägs av svenska ägare, förutsatt att den skattskyldige ifråga är bosatt i Sverige utifrån kriterierna om obegränsad skattskyldighet i 3 kap. 8 § IL. Det är dock viktigt att värna om Sveriges relationer med andra stater och därför inte bryta mot ingångna skatteavtal genom att tillämpa svensk intern rätt i strid mot gällande skatteavtals bestämmelser. När det däremot gäller EU-rätten har det i rättspraxis uttryckts att tillämpning av en intern regel kan motiveras om syftet är att motverka skatteflykt.