För att förhindra att skattskyldiga utnyttjar lagstiftningen på ett sätt som lagstiftaren inte avsett används stopp- och speciallagstiftning. Då detta förfarande alltid ligger  steget efter, lagstiftades det om en generalklausul mot skatteflykt.

Legalitetsprincipen kommer även till uttryck inom skatterätten, ingen skatt utan lag. Detta upprätthåller rättsäkerheten och leder till att skattskyldiga kan förutse de skatterättsliga konsekvenserna av olika rättshandlingar.

Generalklausulen har ansetts vara svår att tillämpa vilket lett till att det genom praxis framkommit principer om genomsyn. Skatteverket verkar vara av den uppfattningen att det finns en skatterättslig genomsynsmetod. Denna metod förbiser de civilrättsligt giltiga avtalen och ser till den ekonomiska innebörden och beskattar förfarandet därefter. Att se till avtals verkliga innebörd är något som är vanligt förekommande på det civilrättsliga området. Det brukar sägas att skatterätten bygger på civilrättsliga grunder, det är därför anmärkningsvärt att, som Skatteverket gör, åsidosätta eller omkaraktärisera civilrättsliga avtal. Det förefaller snarare vara så att de ekonomiska konsekvenserna är en direkt följd av de civilrättsliga, vilket leder till att en skatterättslig genomsyn inte är tillämplig.

Under de senaste åren har det kommit flera avgöranden som säger att en skatterättslig genomsyn inte kan tillämpas. Trots detta fortsätter Skatteverket att tillämpa principen. Även om Regeringsrätten har sin ställning klar verkar det som om det behövs flera, tydliga, domar för att Skatteverket ska inse att det inte längre går att genomföra en skatterättslig genomsyn.

To prevent taxpayers from using the law in a way that the legislator never intended, i.e. abusing its meaning, the legislator constantly introduced new legislation. As this methodology always is reactive as opposed to proactive, the legislator enacted legislation against tax evasive actions - the general anti-avoidance rule.

The principle of legality is affecting not only the civil but also the tax legislation, no law no tax. This ensures the legal security and leads to taxpayers being able to foresee the tax consequences of certain legal transactions.

The general anti-avoidance rule has been found difficult to apply, why case law has lead to the establishment of a "principle of transparency" (similar to the concept of substance over form). This principle overrides the legally binding agreements entered into by two parties, and aims at determining the true substance of the transactions undertaken under the agreement. The findings made by the tax authority in this process are then deemed to be the correct basis for taxation. It is generally said that the tax law is based on the principles established through civil law, which makes it hard to understand how the tax authority can override and reclassify the terms of an agreement entered into by two parties. As the economic consequences should be a direct effect of the terms of said agreement/arrangement, the tax authority should not, under the principle of legality, be able to reclassify the legally binding agreement.

In recent years a number of cases have stated that the "principle of transparency" cannot be applied. Despite this the tax authority still applies this principle. Even if the Supreme Administrative Court believes that it has given a clear interpretation of how to apply the “principle of transparency” additional case law is needed.