Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Genotypning av laktostolerans (LCT-13910C>T) direkt på blod med realtids-PCR: Utvärdering av Kapa Probe Force
Högskolan i Jönköping, Hälsohögskolan, HHJ, Avd. för naturvetenskap och biomedicin.
Högskolan i Jönköping, Hälsohögskolan, HHJ, Avd. för naturvetenskap och biomedicin.
2016 (Svenska)Självständigt arbete på grundnivå (kandidatexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)Alternativ titel
Genotyping of lactase persistence (LCT-13910C>T) directly on blood with real time PCR : Evaluation of Kapa Probe Force (Engelska)
Abstract [sv]

Hos vuxna individer förekommer två fenotyper gällande produktionen av laktas, vilka kallas laktostolerans och laktosintolerans. Vid laktosintolerans produceras otillräckliga mängder laktas vilket framkallar symptom som magsmärtor och flatulens vid intagandet av mjölkprodukter. En enbaspolymorfism (LCT-13910C>T) har kopplats till laktostolerans hos nordvästeuropéer och kan genotypas med smältkurveanalys i realtids-PCR. På Laboratoriemedicin vid Länssjukhuset Ryhov används idag en metod vid genotypning av LCT-13910C>T där extraktion av DNA från blod krävs innan analys. Anledningen till detta är att DNA-polymeraset som ingår enzymmixen LightCycler® FastStart DNA Master HybProbe endast fungerar med rent DNA-templat. Med en annan enzymmix, Kapa Probe Force, ska analys kunna göras direkt på blod. För att utvärdera enzymmixen jämfördes resultat från befintlig metod och resultat från metod med Kapa Probe Force, gällande förmågan att identifiera genotyperna LCT-13910C/C, C/T och T/T samt med avseende på imprecision. Vid jämförelse mellan metoderna samstämde resultatet i avseende på genotyp till 100 % utifrån specificerade smälttemperaturer (Tm) för respektive genotyp angivna i kitet för primer/prober. Däremot syntes lägre fluorescensnivå på smältopparna i metod med Kapa Probe Force, men påverkade inte tolkning av smältkurvorna. En lägre prov-till-prov-variation sågs även i resultatet från metod med Kapa Probe Force gentemot befintlig metod.

Abstract [en]

Among adults two phenotypes are found with regards to production of lactase, these are termed lactase persistence and lactose intolerance. Lactose intolerance is characterized by a low production of lactase, which leads to symptoms such as stomach ache and flatulence after the consumption of dairy products. A single nucleotide polymorphism (LCT-13910C>T) has been correlated with the occurrence of lactase persistence in northwestern Europeans. Genotyping of LCT-13910C>T is possible with melting curve analysis in real time PCR. The currently used method for genotyping of LCT-13910C>T at Ryhov County Hospital requires the extraction of DNA template from blood, due to the fact that the DNA-polymerase in the kit LightCycler® FastStart DNA Master HybProbe requires pure DNA template for analysis. With another DNA-polymerase, included in the kit Kapa Probe Force, analysis on crude samples such as pure blood should be possible. Evaluation of Kapa Probe Force included comparison of the results from both methods with regards to identification of genotypes LCT-13910C/C, C/T and T/T and with regard to imprecision. The results from Kapa Probe Force were 100 % consistent with the results from existing method and acquired melting temperatures (Tm) were all within the accepted ranges specified in the kit of primers and probes. The fluorescence of melting curves acquired with Kapa Probe Force was significantly lower, however this had no effect when it came to interpreting the results. A lower variation could also be seen between samples with Kapa Probe Force compared to existing method.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2016. , s. 39
Nyckelord [en]
Polymorphism, lactose intolerance, PCR, DNA-polymerase, blood
Nyckelord [sv]
Polymorfism, laktosintolerans, PCR, DNA-polymeras, blod
Nationell ämneskategori
Biomedicinsk laboratorievetenskap/teknologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:hj:diva-30807ISRN: JU-HHJ-BLA-1-20160028OAI: oai:DiVA.org:hj-30807DiVA, id: diva2:941678
Ämne / kurs
HHJ, Biomedicinsk laboratorievetenskap
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2016-06-29 Skapad: 2016-06-22 Senast uppdaterad: 2016-06-29Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(779 kB)365 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 779 kBChecksumma SHA-512
8cec9cf7a65249b77d0c858c45714032a3b776c6b1c05d29be4011bfa5ee82348d0850fb92ed7df02242c61266e1a92ef5cdfe7435897e82e9a5a9e7e7792f8f
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Av organisationen
HHJ, Avd. för naturvetenskap och biomedicin
Biomedicinsk laboratorievetenskap/teknologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 365 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 671 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf